Naruto'nun doğumu ve ailesi hakkında çok az şey biliniyor, ve çok büyük bir ihtimal yaşayan hiçbir akrabası yok. Annesinin onu doğuracağı zamanlarda, Dokuz-kuyruklu Şeytan Tilki (Kyūbi no Yōko) köylerine saldırdı, Konohagakure (Hidden Leaf), ve Yondaime Hokage (Dördüncü Hokage) şeytanı yasaklanmış bir yöntemle, bu işlem sırasında yaşamını sonlandıracağı halde, onun içine mühürlemeye karar verdi. Yondaime'nin dileği Naruto'nun köydeki insanlar tarafından bir kahraman olarak hatırlanmasıydı.

Kabaca, işler öyle olmadı. Köy sakinleri suçlayacak ve acılarını ve kayıplarını yönlendirecek bir şey arıyorlardır, ve en uygun adayda oydu. Köyün yetişkinleri, bilinen birkaç istisna dışında, onu köylerine saldıran şeytan tilki olarak bildiler ve davrandılar. Sonuç olarak yalnız ve diğer insanlardan ayrı olarak büyümek zorunda kaldı. Mangada ima edildiğine göre, duygusal olarak çok zor zamanlar geçirdi ve sık sık göz yaşı döktü, fakat kendine ağlamakla bir yere varamayacağını söyledi. Nihayetinde manganın başında çenesi düşük, hiperaktif yaramaz bir çocuğa dönüştü. Sandaime Hokage gözlemlediği (ve ileride Naruto'nun kendisinin de farkettiği) bu hareketleri sadece diğer insanlar tarafından kabul edilmekdeki kendisine güvensizliğiydi.

Şans veya kader eseri, gençliğinde Naruto gibi hissetmiş olan öğretmeni Umino Iruka ile tanıştı. Iruka Naruto'yu bir insan ve ninja gibi gören ve başarısız Dokuz-kuyruklu olarak görmeyen ilk kişiydi. Naruto Iruka'ya onunla beraberken bir baba ile beraber olmanın nasıl bir şey olduğunu anladığını söylemiştir.

TAKIM İLİŞKİLERİ

Uchiha Sasuke ile ilişkisi
Uchiha Sasuke ile nefretle başlayan bir ilişkileri vardır. Bunda ki ana sebep Sasuke'nin Okulun birincisi ve karizmatik oluşu sebebiyle herkesin onla ilgilenmesidir üstüne Sakura'nın Sasuke'ye aşık olması Naruto'nun Ondan nefret etmesine sebep olmuştur. Daha sonraları zaman geçtikçe bu nefret birden çok sıkı bir arkadaşlığa dönüşmüştür. Sasuke babası tarafından ağabeyi Itachi ile hep karşılaştırılmış ve hor görülmüştür. Bir gün ağabeyi Itachi tüm Klanı gücünü ispatlamak adına öldürmesi sebebiyle Naruto gibi yalnız büyümüştür ve abisini durduramadığı için kendisini suçlamaktadır. Artık tek hedefi abisini bulup intikam almaktır ancak Itachi Uchiha Klanının yeteneği Sharingan'ın en üst seviyesi Mangekyo Sharingan'a sahiptir ve bunu en yakın arkadaşını öldürerek kazanabilmiştir bunu Sasuke'ye "Benden intikam almak istiyorsan ilk önce en yakın arkadaşını öldürmelisin. İşte o zaman beni yenebilme şansın olur." diyerek belirtmiştir. Sasuke abisi gibi en iyi arkadaşı Naruto'yu öldürmeyi denemiş bu kavgayı Kakashi durdurmuştur. Bu kavgadan sonra sınıfının en kötü öğrencisi takım arkadaşı Naruto bile ondan daha güçlü hale geldiğini görüp kendine güvenini kaybetmiştir. Sasuke bu kavgada aslında gücünü denemiş öldürmek istememiştir çünkü abisinin gittiği yoldan giderek ona benzemeyi red etmiş en iyi arkadaşını öldürmeden Mangekyo Sharingan'a sahip olmak için Orochimaru'nun(kötü karakter) ona güç vaad etmesiyle ondan eğitim almaya karar vermiştir. Ama Orochimaru Sasuke'yi istemesinin tek sebebi ruh transferi tekniği ile Sasuke'nin Sharingan yeteneğine sahip bedenini ele geçirmektir. Bu teknik yapıldıktan sonra tekrarlanabilmesi için 3 yıl geçmesi gerekmektedir ve son seferden beri 2 yıl geçmiştir. Naruto'da Sasuke'yi bu transfer gerçekleşmeden kurtarmak için çalışmaktadır.

Hatake Kakashi ile ilişkisi
İçinde Naruto'nun da bulunduğu 7. takımın Jounin(üst level ninja) öğretmenidir. Sol gözü Sasuke'ninde sahip olduğu Sharingan yeteneğine sahiptir. Ama Sasuke gibi Uchiha Klanından değildir. Bu gözü "Kakashi Gaiden" adlı manga serisinde anlatıldığı üzere Genin seviyesinde iken takım halinde görev sırasında Uchiha Klanından olan takım arkadaşı ölürken ona armağan etmesi sayesinde sahip olmuştur. Bu göz sayesinde 1000'den fazla teknik kopyalamış ve lakap olarak Kopya Ninja Kakashi(The Copy Ninja Kakashi) almıştır.

Haruno Sakura ile ilişkisi
Naruto'nun aşkıdır. Sakura Sasuke'den hoşlanıyor olduğundan Naruto'yu arkadaş olarak görüyordur. Önceleri Sakura Naruto'dan tiksinip onu hep terslemiştir ama sonra ki bölümlerde Sakura ve Naruto yine de kavga etseler bile artık iyi anlaşmaya başlamışlardır. Özellikle de Sasuke gittikten sonra Sakura ile Naruto daha yakınlaşmışlardır. (Sakura hala Sasuke'yi seviyordur ama.)